从目前支付业务发展情况看,我国跨境电子支付机构主要有境内外第三方支付机构、银联、银行。从我国跨境电商支付的影响力看,境内外第三方支付机构成为用户的首选。目前，PayPal作为全球最大的在线支付公司,在第三方支付机构中占据重要地位。当前,PayPal业务支持全球203个国家和地区的26种货币交易，尤其在欧美普及率极高。同时,PayPal还是在线支付行业标准的制定者,在全球支付市场中获得认可，拥有很高的知名度和品牌影响力。中国跨境交易的用户，也受此影响，更多地选择了PayPal,尤其是在个人海淘用户和跨境B2C商家中,使用率更高。不过,在跨境支付领域,PayPal在我国跨境支付的绝对领先地位已经开始受到挑战。支付宝凭其在境内第三方支付领域的良好基础，逐步进军跨境电商支付领域。2007年8月，支付宝与中国银行等机构合作,推出跨境支付服务。从2009年开始，支付宝先后和维萨(Visa)和万事达卡（Mastercard)进行合作,这两大全球发卡机构在港、澳台地区的持卡用户都可通过支付宝在境内的淘宝网进行购物，从而完成双向的跨境支付服务。截至2019年，支付宝的跨境支付服务已覆盖54个国家和地区,支持美元英镑、欧元瑞土法郎等10多种外汇结算。
2013年9月，国家外汇管理局公布了支付宝等17家第三方支付机构获得跨境电子支付的试点资格。境内第三方支付机构开始广泛介入跨境电商平台在线交易及跨境电子支付业务。财付通与美国运通(American Express)合作，其网络支付服务能够借道美国运通，实现在美英两国Global Shop等热门购物网站跨境在线购物、支付。快钱则从2012年年初推出适合外贸电商用户的一揽子跨境支付、国际收汇服务方案，通过与西联汇款的合作，实现自动化的汇款支付处理，帮助外贸电商消除烦琐的结汇流程并规避风险。目前，快钱能够支持总量达15亿张信用卡的Visa、MasterCard、American Express、JCB等国际卡支付，为外贸电商提供一体化结汇服务和专业化的风控服务。汇付天下则专注小微企业市场，重点在航空产业链等B2B商务市场,特别是在航空机票支付领域，市场份额占比较大。
银联的跨境支付起步更早。银联卡2004年开通了香港澳门地区服务。截至2021年，银联卡可在178个国家和地区实现跨境支付。在境内,其跨境支付优势明显。
