一、业务环节的区别
境内电商属于境内贸易，而跨境电商实际上是国际(地区间)贸易。相比较于境内电商，跨境电商的业务环节更加复杂，需要经过海关通关、检验检疫、外汇结算、出口退税、进口征税等环节。在货物运输上，跨境电商通过邮政小包、快递方式出境，货物从售出至到达境外消费者手中的时间更长。又因路途遥远，货物容易损坏，且各国(地区)邮政派送的能力相对有限，急剧增长的邮包量也容易引起贸易摩擦。境内电商发生在境内，以快递方式将电商货品送达消费者,路途近，到货速度快，货物损坏概率低。
二、交易主体的区别
境内电商的交易主体可以是境内企业对企业、境内企业对消费者或者境内消费者对消费者。而跨境电商平台交易的主体是在关境之间。可能是境内跨境电商公司对境外企业、境内企业对境外消费者，也可能是境内消费者对境外消费者。交易主体遍及全球，他们有着不同的消费习惯、文化心理、生活习俗，这要求跨境电商企业对国际化的流量引人、广告推广营销、境外当地品牌认知等有更深人的了解,需要对境外贸易、互联网、分销体系、消费者行为有很深的了解,要有“当地化/本地化"思维,这些运营难度都远远超出了境内电商行业。
三、交易风险的区别
境内生产企业知识产权意识比较薄弱，再加上跨境B2C电商市场上的产品多为科技含量不高或不需要大规模生产的日用消费品，很多企业缺乏产品定位的意识，什么热卖就上什么产品,大量的低附加值、无品牌、质量不高的商品和假货仿品充斥跨境电商市场，侵犯知识产权的事件时有发生。在商业环境和法律体系较为完善的国家(地区),很容易引起知识产权纠纷,后续的司法诉讼和赔偿十分麻烦。而境内电商行为发生在同一个国家(地区),交易双方对商标、品牌等知识产权有统一的认识，侵权引起的纠纷较少，即使产生纠纷，处理时间较短，处理方式也较为简单。
四、适用规则的区别
跨境电商比一般境内电商需要适应的规则更多、更细、更复杂。首先是平台规则。跨境电商经营借助的平台除了境内的平台，还有境外平台,境内的B2B及B2C平台已经很多，各个平台均有不同的操作规则,境外各国(地区)的平台及其规则更是令人眼花缭乱。跨境电商需要熟悉境内外不同平台的操作规则，需要具有针对不同需求和业务模式进行多平台运营的技能,而境内电商只需遵循一般的电子商务的规则即可。跨境电商还需要以国际(地区间)通用的系列贸易协定为基础,或者是双边的贸易协定为基础。跨境电商要有很强的政策、规则敏感性，要及时了解国际贸易体系、规则，进出口管制、关税细则,以及政策的变化，对进出口形式也要有更深入的了解和分析能力。
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